协议离婚自建房屋，应先协商处理，协商不成可诉诸法院。根据《民法典》规定，离婚时夫妻共同财产由双方协议处理，协议不成时法院将依据照顾子女、女方和无过错方权益的原则进行判决。如不及时处理，可能导致财产分割纠纷，影响离婚进程。
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