单位实行综合工时制，如果劳资双方你情我愿且单位依法申请审批的，会生效。公司与劳动者关于实行综合计算工时工作制的约定不能违反法律的强制性规定。实行综合计算工时工作制有明确的行业限制，而且要求单位必须严格履行审批手续。法律依据：《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》第五条企业对符合下列条件之一的职工，可实行综合计算工时工作制，即分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同：（一）交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工；（二）地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工；（三）其他适合实行综合计算工时工作制的职工。
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